Дълги години д-р Невена Пиперкова работи в Клиника по обща и онкологична гинекология на ВМА – гр. София, където придобива опит в областта на оперативната гинекология и лечение на спешни състояния в гинекологията. 

Преди това – в периода 2008 – 2012 г. д-р Пиперкова специализира акушерство и гинекология във ВМА и II САГБАЛ „Шейново“- София, а през 2013 г. придобива специалността си по Акушерство и гинекология.

Още като студент по медицина д-р Пиперкова преминава обучения по акушерство и гинекология, педиатрия и вътрешни болести в Университетските болници в Братислава и Брюксел.

Преминала е и следдипломни квалификации по дву- и триизмерна ехография на малкия таз, колпоскопия и тъканнодеструктивна терапия, участвала е в "Академия по репродуктивна медицина".